Windows Vista x64 v sobě skrývá určité nástrahy pro programátory. Nativní 64-bitové aplikace totiž vidí celou strukturu registrů a filesystému, nicméně 32-bitové aplikace vidí jen jejich část, díky Wow6432 vrstvě.
V praxi to vypadá tak, že pokud je spuštěna 32-bitová aplikace, jako větev HKLM | Software registru je jí ve skutečnosti nabídnuta namapovaná část HKLM | Software | Wow6432Node.
registry ve Vista x64Podobně je na tom filesystém, adresář \Windows\System32 obsahuje 64-bitové knihovny, zatímco 32-bitové aplikace tento adresář vůbec nevidí, a odkazují se na \Windows\SysWOW64. I proto nemůžete v běžném 32-bitovém editoru upravovat hosts soubor, je totiž v 32-bitové adresářové struktuře nedostupný, musíte použít x64 text editor.
V praxi to znamená, že ne každý 32-bitový program, který jde spustit na 64-bitovém systému, také bude bezvadně fungovat, a týká se to zejména těch, co přistupují do filesystému Windows či do registrů.
Jedním z nejkritičtějších a nejvíce nebezpečných aplikací jsou různé "Registry Cleaners", čili "čističe registrů". Používání těchto aplikací ve 32-bitovém režimu může vést doslova k devastaci počítače, protože jsou vymazány životně důležité věci (jedním se špatných nástrojů je třeba Vista Manager).
TuneUp Utilities 2007 fungují na Vista x64 korektně